Üldkogu on põhikirja järgne kõrgeim liikmeskonda esindav instants
Üldkogu valib kolmeks aastaks Eesti Arstide Liidu presidendi, kes on eesteisuse juht. Tema on ühtlasti Eesti Arstide Liidu ametlik esindaja.
Igapäevaselt juhib Eesti Arstide Liitu eesteisus.
Eesti Arstide Liidu töötajad on:
peasekretär dr Katrin Rehemaa (eal@arstideliit.ee);
registripidaja Tiiu Vettner (tiiuvettner@smail.ee);
finantsdirektor Mai Taro (majandus@arstideliit.ee);
välissuhete koordinaator dr Vallo Volke (vallo.volke@ut.ee).
