Üldkogu on põhikirjajärgne kõrgeim liikmeskonda esindav instants. Üldkogu koguneb üks kord aastas. Tavaliselt toimub see aasta lõpus novembris või detsemberis. Üldkogu valib ja kinnitab presidendi ning volikogu ja eestseisuse koosseisu.
Üldkogu koosolekute vahelisel ajal korraldab liidu tegevust volikogu, kuhu kuuluvad eestseisuse liikmed ja piirkondlike liitude esindajad. Volikogu korralised koosolekud toimuvad kaks korda aastas, tavaliselt kevadel ja varasügisel
Üldkogu valib kolmeks aastaks Eesti Arstide Liidu presidendi, kes on eesteisuse juht. Tema on ühtlasti Eesti Arstide Liidu ametlik esindaja.
Igapäevaselt juhib Eesti Arstide Liitu eesteisus.
Eesti Arstide Liidu töötajad on:
- peasekretär dr Katrin Rehemaa eal arstideliit.ee;
- registripidaja Tiiu Vettner tiiuvettner smail.ee;
- finantsdirektor Mai Taro majandus arstideliit.ee;
- välissuhete koordinaator dr Vallo Volke vallo.volke ut.ee.