Volikogu koosseisu kuuluvad piirkondlike ühenduste poolt valitud või määratud esindajad, üldkogu poolt valitud esindajad ning eestseisuse liikmed järgmiste põhimõtete alusel:
- Alla 300 liikmega ühendus võib valida või määrata volikokku 1 esindaja;
- 300-500 liikmega ühendus 2 esindajat;
- 500-1000 liikmega ühendus 3 esindajat;
- 1000 liikmega ühendus 4 esindajat.
Piirkondliku ühenduse poolt volikokku saadetud liikmeid on piirkondlikul ühendusel õigus tagasi kutsuda ning määrata asendusliige. Asendusliikmed määratakse üks kord aastas ja kinnitatakse üldkogu poolt.
Üldkogu poolt valitavatele kohtadele võib kandideerida iga EAL liige, sõltumata kuuluvusest piirkondlikku ühendusse (ka nendest ühendustest, kes on oma esindaja volikogusse saatnud). Üldkogu määrab valitavate kohtade arvu.
Eestseisuse liikmed kuuluvad automaatselt volikogu liikmete hulka. Eestseisuse liikme vahetumisel lõpevad ka tema volitused volikogu liikmena ja uus eestseisuse liige saab tema asemel volikogu liikmeks.
Tallinna Arstide Liit saab saata volikogusse 4 esindajat, Tartu Arstide Liit ja Eesti Nooremarstide Ühendus 2 esindajat, ülejäänud piirkondlikud ühendused 1 esindaja.
Kõik piirkondlikud ühendused ja üksikliikmed esitada kandidaate ja kandideerida valitavatele kohtadele volikogus.